Donde se juntan los monjes de ocho a ocho días, según la Constitución que profesan, y donde dicen sus culpas y se las reprenden y castigan para que siempre esté en pie la observancia.
En la actualidad están convertidas en exposición de pinturas. Son tres habitaciones consecutivas, de las cuales la primera, que sirve de antecamara o zaguán, ocupa el centro y las otras dos, que se extienden a uno y otro lado, son las llamadas propiamente Capítulos.
Las obras que se pueden ver son de El Bosco, Mártire Neri, Navarrete, Lucas Jordán, Mario de Fiori etc.
Estas salas pertenecen a las dependencias monacales, pues eran utilizadas por los frailes para sus capítulos o juntas. Están situadas entre el claustro principal bajo y la fachada sur, y compuestas por cuatro amplias salas: el vestíbulo de acceso, la sala vicarial y la sala prioral a ambos lados de la primera, y una habitación más pequeña conocida como celda prioral baja. Tienen la misma disposición que las habitaciones de la sacristía: ventanas rasgadas hasta el suelo y otras más pequeñas sobre ellas que se corresponden por nichos o ventanas ciegas en el muro opuesto. Todas ellas presentan una bella decoración de las bóvedas pintadas al fresco con grutescos y figuras bíblicas y de santos, obra de Granello y Fabricio, hijos del Bergamasco.
El vestíbulo o sala central ofrece un fantástico cielo con ángeles que bajan portando coronas de laurel en las manos, escena piadosa que distrae del atrevimiento de los pintores que nos ofrecen un imaginativo firmamento de sátiros, dioses de la selva, ninfas, leones, tigres, extrañas aves, frágiles templetes... En uno de los testeros se exhibe un bello frontal de altar bordado en gran relieve procedente del convento sevillano de Las Leandras; en el centro de la sala, un Angel de bronce dorado sobre pedestal sosteniendo un atril que hacia oficio de facistol en la basílica, y en las paredes, podemos ver varios cuadros interesantes: retrato de Inocencio X, copia de Velázquez, varios floreros de Seghers y la Adoración de los Pastores y la Adoración de los Reyes que recuerdan el estilo del Veronés.
La sala vicarial ofrece una valiosisima colección de pinturas. En el lado derecho vemos a San Juan Bautista y San Juan Evangelista, de escuela española del XVI, a continuación cinco grandes obras de Navarrete el Mudo, el pintor español que mejor contribución aportó a la decoración del monasterio; se trata de temas religiosos: San Jerónimo en penitencia, la flagelación del Señor, el martirio de Santiago Apóstol (la obra maestra del Mudo), la Sagrada Familia, el Nacimiento del Señor, de Zúccaro y la Adoración de los Pastores. En el testero menor se encuentra el Altar portátil del Emperador, que Carlos V llevaba en sus campañas; combina bronce, plata y esmaltes adoptando forma de retablo en el que alternan relieves y estatuillas en varios cuerpos. En el muro de la izquierda vemos unas pinturas, éstas de inferior interés: San Pedro, la Asunción, San Agustín, Cristo muerto, San Jerónimo, Dolorosa y Sagrada Familia con San Juanito.
La sala prioral también exhibe una numerosa colección pictórica: cuatro cuadros con coronas de flores que contienen un relieve con asuntos bíblicos, una Inmaculada de Vicente Carducho, una Transfiguración, copia de Rafael; Nazareno orante, de escuela italiana; copia de la Magdalena de Tiziano por Lucas Jordán, un San Bartolomé anónimo, una copia de la Dolorosa de Tiziano, Noé después del diluvio, de Andrés Vaccaro La Adoración de los Pastores, de Ribera; otra Adoración de Pablo Matteis, la Santísima Trinidad de Ribera, la incredulidad de Santo Tomás, también de Matteis; otra Adoración de los Pastores de Ribera y la Anunciación de María de Francisco Rizzi.
La celda prioral baja, con bóveda bellamente decorada al fresco representando el Juicio de Salomón, atesora una valiosa colección de vestiduras litúrgicas del siglo XVI preciosamente bordadas en sedas y oro en el mismo monasterio siguiendo la escuela del extremeño de Guadalupe; constituyen cuatro juegos riquísimos y deslumbradores: terno en verde, terno de las calaveras o de difuntos, terno de la fiesta de San Lorenzo y terno de la Vida de Cristo. En otra vitrina se halla la colección de marfiles: la arquetarelicario castellana del siglo X o XI, un pequeño díptico gótico de taller parisién del siglo XIV y un grupo que representa el Descendimiento de los talleres del Buen Retiro (s. XVIII). Entre la orfebrería sobresale una arquetarelicario de esmaltes de Limoges (s. XII), un portapaz plateresco, un San Lorenzo en coral y esmalte, también del XVI procedente de Italia, un relicario en forma de libro regalado a Felipe II y otras muchas piezas interesantes por su valor o curiosidad. En los espacios que quedan libres entre las vitrinas pueden verse otras dos valiosas obras: un frontal de altar y un templete de alabastro.