Fijación: tratamiento químico para matar a las células de modo que quedan como eran in vivo, y que las moléculas queden fijadas, que no se eliminen/ laven en manipulaciones posteriores.

Seccionado: se corta el tejido muy fino, de forma que lo atraviese la luz. Para ello se emplean los microtomos, estos pueden ser:

De mano: la muestra debe incluirse en un medio, la médula de saúco (de sauce, Salix).

De parafina: incluir la muestra en parafina, una especie de cera. Antes la muestra tiene que pasar un proceso: deshidratación, se impregna con disolvente Xilol/Xileno) de parafina, este junto a la parafina, y parafina únicamente.

De congelación: la muestra se impregna de nitrógeno líquido , y luego se corta con cuchilla de acero. Es el procedimiento más rápido.

Tinción: si el tejido es casi transparente hay que añadirle colorantes para permitir la visión. Normalmente se emplean más de un colorante de diferente color y también químicamente distintos. Esta es una sustancia química que reacciona con unas moléculas determinadas del tejido, quedándose fijado, así se obtiene el contraste.

Montaje de la preparación: se montan los diferentes cortes en el portaobjetos. Habitualmente se emplea el cubreobjetos, entre porta y cubre no debe haber aire. Dependiendo de la duración, la preparación puede ser:

Temporales: se emplea agua y otras substancias.

Permanentes: indefinidas, se emplean bálsamo de Canadá y resinas.

Fijación: tiene mucha importancia. Se sigue el mismo proceso que en la microscopía óptica.

Seccionado: los cortes, muy finos, son atravesados por electrones (muy poco poder de penetración). Se usan los ultramicrotomos, para poder emplearlos se debe incluir la muestra en una resina muy dura (polimerizada). La resina pasa por dos estados:

Como monómeros (unidades): moléculas muy grandes. La sustancia es fluida, pero viscosa, debido al choque y unión de estas grandes moléculas. La inclusión de la muestra, se produce en este estado.

Como polímeros (unión de unidades): son monómeros unidos fuertemente. Tiene estado sólido, es muy duro. Cuando, se impregna con disolvente de resina, este junto a la resina, y resina únicamente. Cuando la resina está en este estado se puede cortar.

Montaje de la preparación: en una rejilla de cobre, que actúa como red en la mini piscina. La rejilla es el portaobjetos. Se usa cobre porque los tejidos se adhieren bien .

Tinción: se tiñe siempre, aunque sin colorantes. En este caso se emplean metales pesados, ya que estos átomos pesados desvían a los electrones, mientras que los átomos ligeros no lo hacen. Y porque la materia viva está formada por átomos ligeros (C, N ,O...). Estos metales pesados se introducen formando parte de sustancias químicas, reaccionan selectivamente con las moléculas de una célula.

Osmio (Tetróxido de Os): es un fijador y un colorante, pone negra la muestra en un principio. Reacciona con: lípidos, proteínas y polisacáridos. Fija a: membranas (lípidos y proteínas), citoplasma (proteínas), granos de glucógeno (animal), granos de almidón (vegetal).

Plomo (Citrato de Pb): refuerza la acción del osmio.

Uranio (Acetato de Uranio): reacciona con los ácido nucleicos.