Nació en Polanco (Cantabria) el día 6 de febrero de 1833.Perteneciente a una familia de hidalgos montañeses. Su madre, Dña Bárbara Sánchez de Porrúa, se casó a los quince años con Don Juan Francisco de Pereda, de diecinueve años. Tuvieron veintidós hijos, de los cuales sólo llegaron a la edad adulta nueve. Entre el mayor, Juan Agapito, y el menor, Jose María, había una diferencia de veintinueve años. Su madre dejó una fuerte huella en el carácter del escritor.
Su vida transcurrió tranquila en Santander, Comillas y Polanco, salvo breves estancias en Madrid y un viaje con su amigo Pérez Galdós. Pasó la mayor parte de su vida dedicado al cultivo de sus tierras y a la literatura. En la mayor parte de sus obras se dedica a pintar las costumbres y los tipos de paisajes de su tierra natal, sobre todo paisajes de montaña. En sus obras nunca pierde de vista el afán moralizador. Su obra es narrativa, a excepción de algún intento teatral sin éxito. Es el único de los narradores realistas españoles que tiene un verdadero sentimiento de la naturaleza. Con él renace el viejo realismo español. Su percepción de lo real es equilibrada y exacta. Da entrada en su obra a lo bello. Su mejor aportación la constituyen las novelas de ambiente rural santanderino. En su lenguaje mezcla el coloquial del pueblo y el habla de los marineros cántabros y de sus mujeres. El dialogo es vivo y el estilo expresivo. Pereda ha tenido muy buena crítica en su paisano y amigo M. Menéndez Pelayo. Ha sido más discutido por sus contemporáneos y posteriormente apreciado. Es un defensor claro de ideas católicas. Cursó el Bachillerato en el Instituto de Santander. En 1852 marchó a Madrid con intención de ingresar en la Escuela de Artillera, pero su escasa amplitud para las matemáticas le hicieron desistir de tal propósito y dedicarse a la literatura, iniciándose entonces en el teatro (en le que no tuvo mucho éxito). En 1854 abandona sus estudios y regresa a Santander, su tierra, donde impresionado como un provinciano por el ambiente de la gran ciudad, comenzó sus colaboraciones en “La Abeja Montañesa” y “El tío Cayetano”, en las que destacó como costumbrista y defensor del tradicionalismo y donde, junto con sus obras, deja patente el gran afecto por su tierra natal. Después de residir algún tiempo en Andalucía, a donde había ido para reponerse de la enfermedad del cólera, vuelve nuevamente a Santander (1857) y allí fija su residencia. Durante un año de estancia en París se ambienta en los círculos literarios. En 1869 contrae matrimonio con Diodora de la Rivilla y deja la literatura por la política, como miembro activo del partido carlista. Fue diputado en cortes por Cabuérniga (Santander), en 1872, en el reinado de Amadeo de Saboya. Más tarde se cansa de la política y vuelve a dedicarse totalmente a la literatura (hasta el final de su vida). Aunque de ideas conservadoras y con predominante influencia romántica, no falta en sus novelas cierta carga de realismo y costumbrismo, hasta el punto que Emilia Pardo Bazán hablo de un “naturalismo perediano”. Su costumbrismo está en la línea de Antonio de Trueba, Fernán Caballero y Mesonero Romano: defendió siempre los valores y tradiciones de la vida patriarcal. En 1897 ingresó en la Real Academia Española de la lengua versando su discurso sobre la novela regional en el que dejó patente su defensa del tradicionalismo. En su casa de Polanco, construida frente al solar que le vio nacer, solía recibir las visitas de sus amigos y muchos de ellos, escritores también, se inspiraron allí (tal es el caso de Benito Pérez Galdós y su novela “Marianela”). Atacado de hemiplejía, muere en Santander el 1 de marzo de 1906. En 1911 su amigo Don Marcelino Menéndez Pelayo inauguró , con un discurso, un monumento instalado en el Paseo de Pereda (Santander). Sus obras más importantes fueron: “Escenas montañesas”(1864), “Bocetos al temple”(1876), “Don Gonzalo González de la Gonzalera”(1879), en la que ataca al liberalismo y a la Revolución de 1868, “De tal palo tal astilla”(1879), exponente de un catolicismo que se opone frente al liberalismo religioso, “El sabor de la tierruca”(1882),Sotileza”(1885), donde representa el ambiente de los pescadores, “Peñas arriba”(1895) y “Pachín González”(1896).