Todo comienza con las memorias de un anciano en su scriptorium, Adso de Melk, acerca de los sucesos terribles que vivió en su juventud, que tuvieron su tiempo en la edad media y lugar en una abadía del norte de Italia, la cual se abstiene de nombrarla.

El relato comienza cuando junto con su maestro, Guillermo de Baskerville, llegan a dicha abadía para visitar la gran biblioteca por la cual es famosa.

Guillermo comienza a descubrir que algo raro pasa en la abadía, antes de que el abad le diga nada, ya que cuando habla con el abad Abbone, Guillermo lamenta la muerte de uno de los hermanos de la abadía, y este sorprendido por su nivel de atención y deducción, le cuenta lo sucedido; que una fuerza maligna está en la abadía y que mató a Adelmo de Otranto el ilustrador miniaturista más talentoso de la abadía. Su cuerpo, que se consideraba maligno por tener rasgos femeninos, fue encontrado en el barranco, bajo la torre de la biblioteca, el problema es que piensan que fue asesinado, ya que el acceso a la biblioteca está restringido y la ventana de la torre estaba cerrada cuando encontraron el cuerpo; pero cuando Guillermo hace una ronda en el barranco en donde fue encontrado el cuerpo, descubre que éste en realidad se lanzó de una torre aledaña y su cuerpo rodó hasta el lugar en el cual fue encontrado, pero Guillermo no encuentra razón para su suicidio, así que sigue investigando y aparece un segundo cuerpo que es encontrado sumergido en la pila en la cual se vierte la sangre de los cerdos, con las piernas hacia arriba, se trataba de Venancio de Salvemec, el traductor; al revisar su cuerpo, Guillermo se da cuenta que Venancio tenía los dedos manchados con tinta negra, este tenía estrechas relaciones con Adelmo, con esto en mente, Guillermo y Adso, los lugares de trabajo de los dos asesinados, primero visitan el de Adelmo sin encontrar nada raro mas que un gran talento para dibujar y criticar a los ecleciastas, pero al tratar de revisar el lugar de Venancio, Bencio los hace salir del scriptorium, con el pretexto de que quiere hablar con ellos; pero regresan esa noche y descubren un libro en griego y una nota también en griego, al ser distraidos de forma astuta por Berengario, éste roba el libro y los anteojos de Guillermo, los protagonistas recuerdan lo dicho por Alinardo y entran a la biblioteca, que resulta ser también un laberinto y se pierden en el y llegan al centro en donde hay un espejo.

Al dia siguiente no encuentran a Berengario en su dormitorio; ese mismo dia, Adso se dirigió a la cocina y se encontró con una campesina, de la cual se enamora y tiene sexo con ella; y más tarde es encontrado Berengario en el baño ahogado en una tina llena de agua entre hojas de lima.

En el cuarto día, examinan el cuerpo de Berengario con Severino el yerbatero, Guillermo se da cuenta que el cuerpo de Berengario tiene los dedos de la mano izquierda manchados de tinta negra, al igual que su lengua, Severino le comenta que era el único zurdo en la abadía y que era invertido de otras maneras “anti-natura”; después Guillermo hace confesar a Salvatore lo que ha visto y hace lo mismo con el cillerero y esa tarde llega la santa inquisición, esa noche Guillermo y Adso entran de nuevo a la biblioteca, con el pedazo de pergamino de Venancio ya decifrado, pero es incomprencible, aún así, llegan al finis Africae, pero como no comprenden lo escrito, no logran entrar; mientras tanto, Salvatore hace brujería con la campesina en la cocina, pero, los encuentran a los dos con los objetos para el rito diabólico y los culpan de herejes dolcinitas.

También se da una discución entre franciscanos y los partidarios del papa, sobre si la iglesia debería ser pobre como lo fue Jesús, en medio de la dicusión, Severino le hace saber a Guillermo que ha encontrado el libro entre la hierbas, pero al llegar Guillermo a la yerbería, descubre el cadáver de Severino, pero no encuentra el libro, mientras Malaquías informa a Remigio el encargado de Salvatore, que Salvatore ha confesado y que debe huir, pero en su intento, lo arrestan y culpan del asesinato de Severino y de todos los demás y de hereje.

El sexto día, Malaquías muere a causa del veneno del libro y más tarde, Guillermo se dirige con Abonne el abad y le habla acerca de las relaciones deshonestas entre Berengario y Adelmo y entre Berengario y Malaquías, le dice que los asesinatos giran alrededor de un libro que se encuentra en el finis Africae en la biblioteca, tras escuchar esto y después de una discusión, el abad le pide que deje de lado las investigaciones que lleva acabo, por miedo a que la abadía pierda su reputación mundial.

En la noche se aventuran una vez más dentro del laberinto y practicamente por casualidad, por una conversación que Adso recuerda haber tenido con Salvatore, Guillermo descubre como entrar al finis Africae, en donde Jorge el ciego los esperaba y se da por vencido y les entrega el segundo libro de Aristóteles para que lo lean y mueran envenenados, pero Guillermo lo toma con un guante, después de hojearlo un rato, se detiene y explica los asesinatos a Jorge, que sucedieron de la siguiente manera: Adelmo, en su afán de criticar a los ecleciastas, decide leer el segundo libro de Aristóteles, pero no puede tener acceso a él, así que le pide a Berengario, el ayudante de Malaquías, el bibliotecario que le preste el libro, pero a cambio, Berengario le pide sexo gay, Adelmo lo complace y le da un pergamino en donde se encuentra la clave para llegar al libro, sin embargo, Adelmo siente gran culpa por lo que hizo y se suicida, no sin antes darle el pergamino a Venancio el traductor, su gran amigo; Venancio va esa misma noche en busca del libro y lo lee en el scriptorium, en donde muere a causa del veneno untado en el libro por Jorge, veneno que robó tiempo atrás del estante de Severino el yerbatero, Berengario encuentra esa noche el cuerpo de Venancio y lo arroja al pozo de sangre, a la noche del día siguiente, Berengario regresa al scriptorium y lee el libro que Venancio leía, pero al sentir gran dolor por el veneno, va a la bodega del yerbatero, y toma unas hojas de lima para darse un baño curativo, pero el alivio nunca llega y muere en la tina del baño, aunque olvida el libro entre los frascos de las hierbas, el cuál es encontrado más tarde por Severino, quien es asesinado por Malaquías para recuperar el libro, sin embargo, Malaquías no resiste, lee el libro y por ende muere, pero el libro ya había sido puesto de vuelta en el finis Africae. Después de una conversación acerca del libro y el por qué de protegerlo, Jorge huye con el libro, perdidos en el laberinto, dan con Jorge en una sala y tira la lámpara de la mano de Adso y se incendia la biblioteca, donde muere el viejo tragado por las llamas de su propio infierno.