“El árbol de la ciencia” es una novela filosófica de carácter autobiográfico de su autor, Pío Baroja, quien es un escritor clave de la narrativa de la Generación de 98.
Andrés Hurtado es un hombre que intenta huir del mundo absurdo que le rodea, y está interesado en saber por qué es como es el ser humano, e intenta descubrirlo por medio de la ciencia, más concretamente por el estudio de la Medicina. En la facultad, por la falta de cultura y de interés por las personas que se respira allí, descubre que ese camino no le sirve para mucho. Madrid, ciudad en la que vive, es para él un sitio estancado que no merece la pena, y este pensamiento se extiende a medida que su vida avanza: la muerte del menor de sus hermanos, Luis, al que apreciaba mucho, la estancia en un pueblo manchego al que coge casi asco, y el conocer la gente mezquina que hay por todos lados hace que piense que la vida es una basura y que no hay nada excitante en ella. Sus únicos momentos de paz, cuando se casa con Lulú, se ven turbados cuando el bebé de ambos muere al nacer y a los pocos días muere ella. Habiendo visto lo ocurrido con su esposa, y sintiendo ya que la vida no puede darle nada más, Andrés se suicida.
La novela consta de 53 capítulos repartidos en siete partes, cifras que aparentemente no dan lugar a ningún tipo de organización. Sin embargo, al leerla se puede observar que tiene una estructura pensada: dos etapas de la vida de Andrés Hurtado interrumpidas por un intermedio reflexivo en el que mantiene una conversación filosófica con su tío, Iturrioz. En esta reflexión Andrés habla sobre si la vida es una simple lucha o si es todo pesimismo, ideas que saca de Darwin y Schopenhauer respectivamente. Habla sobre si las personas tienen voluntad en su vida, o simplemente son espectadores de ésta (principio de ataraxia), como dice Schopenhauer en su libro “El mundo como voluntad y representación”.
Su tío, Iturrioz, es uno de los personajes secundarios de tantos que hay. El principal es Hurtado, persona solitaria, antisocial, reflexiva, intelectual, tímida con las mujeres, casi misógina, algo anarquista, rebelde e inconformista. Es por él, entre otras cosas, por lo que esta novela es autobiográfica, ya que Andrés representa el carácter del propio Baroja. Junto a Andrés, otro personaje a destacar es Lulú, una muchacha un tanto alocada con la que Andrés entabla muy buena amistad desde el principio, y la que en un futuro será su esposa y, gracias a eso, dadora de unos preciosos y agradecidos momentos de paz en su vida. Al principio, Aracil y Montaner también son importantes, ya que Hurtado pasa gran tiempo con ellos, y forja de cada uno una visión: al principio, por ejemplo, no tenía muy buena relación con Montaner, y, sin embargo, termina siendo más amigo suyo que de Aracil, al cual critican a sus espaldas. Aparte de los ya mencionados, a lo largo de la obra aparece una galería de personajes secundarios y muy pintorescos caracterizados de forma directa y rápida. Además, todos los personajes son descritos de forma paulatina y progresiva, cosa que se acentúa más según sea mayor la importancia del personaje.
Baroja da mucha importancia al diálogo, como se puede comprobar, por ejemplo, en la IVª parte en la que Andrés e Iturrioz mantienen su conversación filosófica. También aparecen gran número de descripciones, tanto de paisajes (o ambientes) como de personas, y la representa de una forma tan minuciosa y detallista como ágil y sencilla.
En la novela se critica lo absurdo del mundo, tanto rural como urbano, de España, la injusticia social que en él hay, la incultura de los que se suponen deberían ser cultos, la indiferencia ante eventos como la masacre en Cuba, la miseria de los pueblos y las ciudades y la poca consideración ante ello que tienen las personas con dinero. El protagonista desea que haya una revolución para que todo esto cambie, pese a verse incapaz de hacerla él mismo.