Los principales problemas que afectan en la actualidad al lince ibérico, y que han supuesto que en sólo una década su población pase de 1.200 a 200 ejemplares son:
Disminución de las poblaciones de conejo, su alimento básico y casi exclusivo.
Destrucción del monte mediterráneo, su hábitat característico, que es el de su presa principal y también del águila imperial ibérica, una de las rapaces más amenazadas del mundo (120 parejas en total).
Furtivismo. No especialmente contra la especie, sino contra otros mamíferos, como jabalí, zorro y otros.
Atropellos. Sus principales áreas están atravesadas por carreteras, en las que no se contemplan medidas preventivas. En ellas mueren sobre todo los jóvenes durante la étapa de dispersión juvenil.
Endogamia. La reducción de las poblaciones deteriora su calidad genética y hace inviable su reproducción.
SITUACION ACTUAL DE LA ESPECIE
De seguir su tendencia actual, el lince podría desaparecer en sólo diez años. Los datos de los censos realizados a principios de los 90 señalaban la existencia de unos 1.200 linces. Cinco años después se citaban entre 800 y 500. Ahora los más optimistas señalan alrededor de 500, pero parece que sólo quedan 200 ejemplares adultos.
La Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza, le ha calificado, junto al tigre de Bengala, como el felino más amenazado del planeta. En cincuenta años, la especie ha pasado de habitar la mayor parte de la península Ibérica a verse recluida en cinco áreas completamente aisladas entre sí. Algo que supone un peligroso e inevitable deterioro genético.
De las cinco poblaciones, sólo dos son genéticamente viables. La más importante está en la Sierra de Andújar, una zona de monte mediterráneo con un aceptable estado de conservación y en la que se estima que sobreviven unos 60 ejemplares. De ellos, una docena se encuentra en el interior de la finca estatal Lugar Nuevo, donde se ha puesto en marcha el Plan Integral para la protección de la especie.
La segunda zona lincera es el Parque Nacional de Doñana y su entorno. Allí se estima subsiste una población de 40 ejemplares. Es la más amenazada por la presión de un entorno que no sabe ver la importancia de su conservación.
Las otras tres áreas se encuadran en el cuadrante sudeste de la península: El Enebral, Montes de Toledo y Sierras de Gata y Granadilla. Además, podría haber pequeñísimos grupos o individuos aislados en otros lugares, como el sudeste madrileño.
Ecologistas y científicos, denuncian varios los proyectos e infraestructuras que son especialmente perjudiciales y que en la actualidad apoyan las diferentes Administraciones. Citan en especial cinco grandes embalses en zonas linceras: Melonares (Sevilla), Irueña (Salamanca), La Breña II (Córdoba), La Coronada y Andébalo (Huelva), así como ciertas carreteras del entorno del Parque Nacional de Doñana
ÁGUILA IMPERIAL
El Águila Imperial es una de las rapaces más amenazadas del mundo, apenas quedan 130 parejas, todas ellas establecidas en España. Lamentablemente, cada vez mueren más ejemplares por ingerir carne envenenada, que es utilizada como cebo en numerosos cotos de caza. Por este motivo, La Sociedad Española de Ornitología (SEO/BirdLife) ha iniciado una campaña para proteger al Águila Imperial, y la ha nombrado Ave del Año 2000
NUTRIA
La nutria se encuentra en peligro de extinción, pues es cazada para cortarle la piel y hacer con ella cinchos, billeteras, bolsas y otros objetos.
Aunque algunas personas la venden para mascotas, de acuerdo con Maria José Iturbide, bióloga del zoológico La Aurora, otros lo hacen por puro gusto.
Es un animal inquieto, y difícil de cazar, pues tiene gran habilidad en el agua, donde se esconde cuando se siente amenazada por el hombre.
Por esa razón está en peligro de extinción, "por ser difícil de capturarla, cuando lo logran le cortan la piel y la tienen como trofeo", explica el encargado de Fauna de la Comisión Nacional de Areas Protegidas (CONAP), Roberto Ruiz.
En otros casos es exportada o comercializada, sin embargo según Ruiz, como lo hacen de forma ilegal no se sabe a donde la llevan y como lo hacen, lo cierto es que hasta hace unos años se veía cerca de cualquier fuente de agua y ahora muy rara vez.