Universidad Católica de Valparaíso

Instituto de Química

Carrera de Bioquímica

“ESTRUCTURA Y CARACTERÍSTICA DE LA PROTEINA V-SRC (PP60)”.

Índice

• Introducción.............................................................................................3

• Objetivo....................................................................................................3

• Datos Principales.....................................................................................4

• Estructura Primaria................................................................................4

Información de Secuencia en letras...........................................................5

Secuencias excesivas del substrato del resumen para el v-Src..................6

Insignia de la secuencia sobre el rango -12, +12 de los adornos del fosforilación...............................................................................................6

Vector de la frecuencia del aminoácido sobre las secuencias entre las posiciones -12 y 0......................................................................................7

Información de secuencia por 3 letras (nombre del Aa)...........................8

• Estructura secundaria y súper secundaria............................................9

Explorando la estructura de la proteína V-SRC (PP60), la cual transforma la quinaza de la tirosina...........................................................9

• Estructura terciaria...............................................................................10

6.1 Explorando la estructura de la proteína V-SRC (PP60), la cual transforma la quinaza de la tirosina, con un dominio SH2 con un código 1bkl, y un dominio SH3.........................................................................11

• Estructura Cuaternaria.........................................................................12

8 Comparación y Características estructurales: V-SRC v/s C-SRC..12

9 Bibliografía............................................................................................13

1. Introducción

El presente trabajo se dará a entender sobre la característica y estructura de una cierta proteína la cual en este caso es la V-SRC, también conocida como proteína PP60, el análisis de esta proteína se efectuará en las siguientes divisiones de la estructura:

La estructura primaria, la cual nos entregará información de la secuencia de aminoácidos.

La estructura secundaria y súper secundaria la cual nos dará información sobre un plegamiento ordenado y repetitivo en el espacio, la estructura súper secundaria es el estado en el cual la estructura secundaria no están aisladas sino que por el contrario pueden interaccionar entre ellas.

La estructura terciaria la cual nos permite tener la disposición tridimensional de todos los átomos de la proteína .

La estructura cuaternaria las cuales corresponde a uniones no covalentes entre cadenas polipeptídicas.

2. Objetivo

El objetivo principal de este trabajo es dar a conocer la estructura y características de la proteína V-SRC (PP60) entregando información de sus estructuras y dominios

3. Datos principales

• Función : Esta fosfoproteina, es requerida para el lanzamiento y el mantenimiento de la transformación neoplástica, es una quinaza de proteína que cataliza la fosforilación de los residuos del tirosina in Vitro.

• Actividad catalítica: ATP + un tirosina de la proteína = un ADP + un fosfato del tirosina de la proteína.

• Semejanza : contiene 1 dominio SH2.

• Semejanza : contiene 1 dominio SH3.

• Semejanza : a otras quinazas de proteína - tirosina en el dominio catalítico. pertenece al src subfamilia

4. Estructura Primaria

La estructura primaria nos permite estudiar la secuencia (orden) de los aminoácidos en la proteína, el número de cadenas polipeptídicas, si la proteína es simple o conjugada además de la información de los enlaces de sulfuro la cual le da estabilización a la proteína.

Resumen de la secuencia aminoacídica

Clave	De     A	Longitud		Descripción
LÍPIDO	2       2			Miristate.
DOMINIO	81     142	62		SH3.
DOMINIO	148     245	98		SH2.
DOMINIO	267     520	254		Quinaza de proteína.
NP_BIND	273     281	9		ATP ( por similitud).
El ATAR	295     295			ATP ( por similitud).
ACT_SITE	386     386			Por similitud .
MOD_RES	416     416			Fosforilación (automóvil -) ( por similitud).

4.1 Información de secuencia en letras

Longitud: 587 AA Peso molecular: 65800 Da CRC64: 0A6925315EF251D9 [ esto es una suma de comprobación en la secuencia ]

10 20 30 40 50 60 | | | | | | MGSSKSKPKD PSQRRRSLEP PDSTHHGGFP ASQTPNKTAA PDTHRTPSRS FGTVATEPKL 70 80 90 100 110 120 | | | | | | FGGFNTSDTV TSPQRAGALA GGVTTFVALY DYESRTETDL SFKKGERLQI VNNTEGDWWL 130 140 150 160 170 180 | | | | | | AHSLTTGQTG YIPSNYVAPS DSIQAEEWYF GKITRRESER LLLNPENPRG TFLVRESETT 190 200 210 220 230 240 | | | | | | KGAYCLSVSD FDNAKGLNVK HYKIRKLDSG GFYITSRTQF SSLQQLVAYY SKHADGLCHR 250 260 270 280 290 300 | | | | | | LTNVCPTSKP QTQGLAKDAW EIPRESLRLE VKLGQGCFGE VWMGTWNGTT RVAIKTLKPG 310 320 330 340 350 360 | | | | | | TMSPEAFLQE AQVMKKLRHE KLVQLYAVVS EEPIYIVTEY MSKGSLLDFL KGEMGKYLRL 370 380 390 400 410 420 | | | | | | PQLVDMAAQI ASGMAYVERM NYVHRDLRAA NILVGENLVC KVADFGLARL IEDNEYTARQ 430 440 450 460 470 480 | | | | | | GAKFPIKWTA PEAALYGRFT IKSDVWSFGI LLTELTTKGR VPYPGMVNRE VLDQVERGYR 490 500 510 520 530 540 | | | | | | MPCPPECPES LHDLMCQCWR KDPEERPTFE YLQAFLEDYF TSTEPPVPAW REPIGLELLL 550 560 570 580 | | | | APEASLWGTG AWLRAEGPRF GEQPQSRMWH GEVSGAPSLI KTVLGHP

4.2 Secuencias excesivas del substrato del resumen para el v-Src

Quinaza de proteína: v-Src

Número de los adornos del substrato en PB: 14

4.3 Insignia de la secuencia sobre el rango -12, +12 de los adornos del fosforilación.

4.4 Vector de la frecuencia del aminoácido sobre las secuencias entre las posiciones -12 y 0

aa	-12	-11	-10	-9	-8	-7	-6	-5	-4	-3	-2	-1	0
A	0,000	0,143	0,143	0,000	0,357	0,000	0,000	0,143	0,000	0,000	0,071	0,214	0,000
C	0,000	0,000	0,071	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000
D	0,357	0,000	0,000	0,071	0,143	0,000	0,000	0,000	0,000	0,214	0,000	0,000	0,000
E	0,000	0,000	0,143	0,214	0,000	0,143	0,071	0,214	0,500	0,500	0,071	0,286	0,000
F	0,000	0,214	0,000	0,000	0,000	0,071	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000
G	0,071	0,000	0,357	0,143	0,000	0,000	0,143	0,000	0,071	0,000	0,143	0,000	0,000
H	0,000	0,000	0,000	0,000	0,071	0,143	0,000	0,000	0,000	0,000	0,071	0,000	0,000
I	0,000	0,000	0,000	0,000	0,071	0,000	0,000	0,286	0,000	0,000	0,000	0,071	0,000
K	0,071	0,071	0,000	0,071	0,000	0,071	0,071	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000
L	0,000	0,143	0,000	0,214	0,000	0,071	0,286	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000
M	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000
N	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,286	0,000	0,000
P	0,000	0,143	0,000	0,143	0,143	0,000	0,000	0,071	0,214	0,143	0,071	0,071	0,000
Q	0,071	0,143	0,071	0,000	0,000	0,000	0,071	0,071	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000
R	0,071	0,000	0,143	0,000	0,071	0,214	0,000	0,000	0,071	0,000	0,000	0,000	0,000
S	0,357	0,000	0,000	0,071	0,000	0,071	0,214	0,071	0,143	0,071	0,143	0,000	0,000
T	0,000	0,000	0,071	0,000	0,000	0,000	0,071	0,143	0,000	0,071	0,143	0,143	0,000
V	0,000	0,000	0,000	0,071	0,071	0,143	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,214	0,000
W	0,000	0,000	0,000	0,000	0,071	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000
X	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000
Y	0,000	0,143	0,000	0,000	0,000	0,071	0,071	0,000	0,000	0,000	0,000	0,000	1,000

4.5 Información de secuencia por 3 letras (nombre del Aa)

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15

1 Met Gly Ser Ser Lys Ser Lys Pro Lys Asp Pro Ser Gln Arg Arg 15

16 Arg Ser Leu Glu Pro Pro Asp Ser Thr His His Gly Gly Phe Pro 30

31 Ala Ser Gln Thr Pro Asn Lys Thr Ala Ala Pro Asp Thr His Arg 45

46 Thr Pro Ser Arg Ser Phe Gly Thr Val Ala Thr Glu Pro Lys Leu 60

61 Phe Gly Gly Phe Asn Thr Ser Asp Thr Val Thr Ser Pro Gln Arg 75

76 Ala Gly Ala Leu Ala Gly Gly Val Thr Thr Phe Val Ala Leu Tyr 90

91 Asp Tyr Glu Ser Arg Thr Glu Thr Asp Leu Ser Phe Lys Lys Gly 105

106 Glu Arg Leu Gln Ile Val Asn Asn Thr Glu Gly Asp Trp Trp Leu 120

121 Ala His Ser Leu Thr Thr Gly Gln Thr Gly Tyr Ile Pro Ser Asn 135

136 Tyr Val Ala Pro Ser Asp Ser Ile Gln Ala Glu Glu Trp Tyr Phe 150

151 Gly Lys Ile Thr Arg Arg Glu Ser Glu Arg Leu Leu Leu Asn Pro 165

166 Glu Asn Pro Arg Gly Thr Phe Leu Val Arg Glu Ser Glu Thr Thr 180

181 Lys Gly Ala Tyr Cys Leu Ser Val Ser Asp Phe Asp Asn Ala Lys 195

196 Gly Leu Asn Val Lys His Tyr Lys Ile Arg Lys Leu Asp Ser Gly 210

211 Gly Phe Tyr Ile Thr Ser Arg Thr Gln Phe Ser Ser Leu Gln Gln 225

226 Leu Val Ala Tyr Tyr Ser Lys His Ala Asp Gly Leu Cys His Arg 240

241 Leu Thr Asn Val Cys Pro Thr Ser Lys Pro Gln Thr Gln Gly Leu 255

256 Ala Lys Asp Ala Trp Glu Ile Pro Arg Glu Ser Leu Arg Leu Glu 270

271 Val Lys Leu Gly Gln Gly Cys Phe Gly Glu Val Trp Met Gly Thr 285

286 Trp Asn Gly Thr Thr Arg Val Ala Ile Lys Thr Leu Lys Pro Gly 300

301 Thr Met Ser Pro Glu Ala Phe Leu Gln Glu Ala Gln Val Met Lys 315

316 Lys Leu Arg His Glu Lys Leu Val Gln Leu Tyr Ala Val Val Ser 330

331 Glu Glu Pro Ile Tyr Ile Val Thr Glu Tyr Met Ser Lys Gly Ser 345

346 Leu Leu Asp Phe Leu Lys Gly Glu Met Gly Lys Tyr Leu Arg Leu 360

361 Pro Gln Leu Val Asp Met Ala Ala Gln Ile Ala Ser Gly Met Ala 375

376 Tyr Val Glu Arg Met Asn Tyr Val His Arg Asp Leu Arg Ala Ala 390

391 Asn Ile Leu Val Gly Glu Asn Leu Val Cys Lys Val Ala Asp Phe 405

406 Gly Leu Ala Arg Leu Ile Glu Asp Asn Glu Tyr Thr Ala Arg Gln 420

421 Gly Ala Lys Phe Pro Ile Lys Trp Thr Ala Pro Glu Ala Ala Leu 435

436 Tyr Gly Arg Phe Thr Ile Lys Ser Asp Val Trp Ser Phe Gly Ile 450

451 Leu Leu Thr Glu Leu Thr Thr Lys Gly Arg Val Pro Tyr Pro Gly 465

466 Met Val Asn Arg Glu Val Leu Asp Gln Val Glu Arg Gly Tyr Arg 480

481 Met Pro Cys Pro Pro Glu Cys Pro Glu Ser Leu His Asp Leu Met 495

496 Cys Gln Cys Trp Arg Lys Asp Pro Glu Glu Arg Pro Thr Phe Glu 510

511 Tyr Leu Gln Ala Phe Leu Glu Asp Tyr Phe Thr Ser Thr Glu Pro 525

526 Pro Val Pro Ala Trp Arg Glu Pro Ile Gly Leu Glu Leu Leu Leu 540

541 Ala Pro Glu Ala Ser Leu Trp Gly Thr Gly Ala Trp Leu Arg Ala 555

556 Glu Gly Pro Arg Phe Gly Glu Gln Pro Gln Ser Arg Met Trp His 570

571 Gly Glu Val Ser Gly Ala Pro Ser Leu Ile Lys Thr Val Leu Gly 585

586 His Pro

5. Estructura secundaria y súper secundaria

La estructura secundaria es las disposiciones de los residuos de aminoácidos adyacentes a la cadena polipeptídica (fibrosa o globulares), la cadena polipeptídica no es alargada y va a sufrir un plegamiento ordenado y repetitivo en el espacio, cuando las estructuras secundarias no están aisladas e interaccionan entre ellas forman las llamadas estructuras súper secundaria la unión es mediante un enlace covalente.

5.1 Explorando la estructura de la proteína V-SRC (PP60), la cual transforma la quinaza de la tirosina.

Proteína: 110 residuos

• Resumen :

1 hoja, 5 hilos, 2 hélices, 14 vueltas beta, 2 vueltas gammas, 1 bombeo beta, 4 horquillas beta.

39 moléculas de agua.

6. Estructura terciaria

La estructura terciaria es la disposición tridimensional de todos los átomos de la proteína, plegamiento de la proteína de una manera determinada, lo más común es que las cadenas laterales no polares se ubiquen al interior y las cadenas polares queden en la superficie de la proteína (interacciona con el solvente), las interacciones son de largo alcance, en cambio las interacciones de la estructura secundaria son de corto alcance.

El dominio estructural es una fracción de la cadena polipeptídica que se encuentra totalmente estructurada, sus funciones son independientes, pero complementaria en el total, es una sola cadena polipeptídica, es susceptible de asociar y disociar, la estabilización de la proteína es por medio de interacciones entre grupos R.

6.1 Explorando la estructura de la proteína V-SRC (PP60), la cual transforma la quinaza de la tirosina, con un dominio SH2 con un código 1bkl, y un dominio SH3.

7. Estructura cuaternaria

Existen proteínas formadas por más de una cadena polipeptídica, cuando estas se asocian se habla de estructura cuaternaria, en las cuales el enlace de la cadena es una unión no covalente y se mantienen unidas por interacciones electroestáticas, lo que no es en el caso de la proteína V-SRC (PP60) la cual esta compuesta por una sola cadena polipeptídica por lo que no hay asociación no covalente.

8. Comparación y Características estructurales: V-SRC v/s C-SRC.

a | Los genes del src v-y del src de la c. El gen del src del v (fondo) falta los introns presentes en el src de la c (tapa), y en src del v que la secuencia 3'-terminal del src de la c es substituida por una secuencia en sentido descendiente. Además, varias mutaciones de la punta que activan están presentes dentro del src del v (no mostrado. Una variedad de virus no-defectuosa del sarcoma de Rous, tal como ésa mostrada, contiene los genes estructurales virales (mordaza, pol y env), más el gene viral-que transforma, src del v. La tensión de Bryan es réplica-defectuosa y falta un gene funcional del env; algunas variantes de la tensión de Bryan son también defectuosas en pol.

b | Características estructurales de las proteínas del c-Src y del v-Src. Los números de residuo y otros detalles son específicos al c-Src del pollo y a la proteína del v-Src de la tensión de Schmidt-Ruppin de RSV. El amino terminal de la proteína es myristoylated en Gly2. Posición del (m) membrana que ata, (u) único, SH2, SH3, linker (l), catalítico y los dominios reguladores del (R) del c-Src se muestran; Las secuencias substituidas de la carboxy-terminal en v-Src se muestran en rojo. Los asteriscos representan substituciones del aminoácido en v-Src.

9. Bibliografía.

“Biochemistry, the chemical reactions of the living cells”, David E. Metzler

Academic Press INC 1977.

“Bioquímica”, David Voet

Ediciones Omega 1992.

“Bioquímica”, Robert Bohinsky

5° Edición, Addison Wesley 1991

http://www.37.com

http://www. altavista. com

http://www.expasy.ch

http://www.google.com/intl/es/

http://www.infomed. cl

http://www.medline.com

http://www.proquest.uni.com

“Química Biológica”, Henry Mahler-Eugene H. Cordes

Ediciones Omega 1971

13