La acción transcurre en Cataluña, en el siglo XV, todo comienza con la boda de Bernat Estanyol y Francesca, ésta es violada por Lloret de Bellera, el señor de Navarclés, que se presenta en la boda, y por su marido. Apartir de esto, la relación entre marido y mujer es muy fría y distante, entonces se enteran de que Francesca esta embarazada. Cuando nace el bebé, con un lunar de nacimiento propia de los Estanyol, Bernart está muy ilusionado, pero Francesca no siente ningun afecto por él. El señor de Navarclés manda traer a su castillo a Francesca para amamtar a su hijo Jaume, y allí Francesca es violada por los soldados del castillo y Arnau es abandonado en un almacen.

Bernad decide ir en busca de su hijo y lo encuentra medio muerto, lo rapta, y en su huida acaba con la vida de un muchacho que queria delatarlo.

Bernard decide huir con su hijo a Barcelona para conseguuir la libertad, de la que tanto le habia hablado su padre en su juventud. Llegan a Barcelona y son acogidos por su hermana Guiamona, que esta casada con un artesano rico llamado Grau Puig. Arnau se cria con los hijos de Grau mientras que su padre trabaja para este. Tiene que pasar un año para que sean considerados ciudadanos libres, y mientras tanto tienen que ocultarse para no ser descubiertos. Pasan los años y Arnau conoce a Joanet, un niño repudiado por su padre y cuya madre estaba emparedada viva como castigo por adulterio.

Un dia mientras corrian por las calles de Barcelona, los dos niños encuentran una iglesia en construccion dedicada a la virgen, Santa Maria del Mar, y apartir de entonces pasan alli gran parte del dia observando la construccion de la iglesia, como los bastaixos llevan las rocas desde la cantera hasta la iglesia y rezando a la virgen.

Cierto dia se produce una revuelta en las calles de Barcelona debida a la escasez de sumistros, en la cual Bernat resulta muerto, ahorcado en una plaza, y su cadaver queda expuesto como advertencia para el pueblo, pero Arnau con la ayuda de Joan lo quema a escondidas y se refugia en la Catedral del Mar. En esa misma noche presencia el robo de la caja de los bastaixos y lo evita, asi es nombrado bastaixo en agradecimiento. Al mismo tiempo Joan se mete a un seminario para convertirse en fraile.

Con el transcurso de los años se casa con Maria, hija de un importante bastaixo, pero es acosado por una muchacha que conocia desde hace años y para no herir a su mujer se marcha a la guerra.

A su regreso la peste llega a Barcelona y Maria muere. Almismo tiempo hay una serie de revueltas contra la juderia de Barcelona en la cual Arnaud salva a unos niños judios, y el padre de los niños en agradecimento le entrega un esclavo moro experto en finanzas, llamado Sahat. Con la ayuda de este se hace rico y ayuda a la gente humilde. Asi Arnau va ascendiendo en la escala social, y un buen dia en el que Barcelona es atacada Arnau toma parte en la defensa y hace huir al atacante.

Gracias a esto el rey lo nombra consul de la mar, lo casa con una protegida llamada Elionor, no muy contento acepta el matrimonio, y toma posesion del castillo de Montbui y las tierras de alrededor, asi se combierte en señor. Recorre las tierras para ver a sus siervos y al ver las malas condiciones que presentan abole los malos usos y declara libre a los siervos de sus tierras. Esto incomoda un poco a los demas nobles catalanes y sobre todo a su mujer.

Arnau acoge a mar una hija de un bastaxo que se queda huerfana, de la cual Elionor siente celos, y junto con Joan planean secuestrarla y violarla. Pasan los años y se produce otra revuelta contra la juderia, queman a un judio amigo de Arnau y este abraza a su hija para consolarla, Elionor lo ve y lo acusa de hereje, es detenido por la inquisicion encarcelado y torturado. Personajes importantes como el hijo de Lloret de Bellera, Jaume, o un caballero hijo de Grau Puig y primo de Arnau, lanzan graves acusaciones inventadas, lo acusan de brujeria de hacer ritos satanicos, etc.

Al final gracias a la intervencion de un grupo de personas a las cuales Arnau ha ido ayudando a lo largo de la historia como los bastaixos, su hermano Joan, Mar, Aledis ( la muchacha que le acosaba en su juventud), incluso su madre Francesca, que era la dueña de un prostibulo de Barcelona y que habia seguido sus pasos en la sombra, y gracias a la tramas financieras del esclavo moro Sahat, a quien Arnau habia dado la libertad años atrás, este consigue salir de la carcel y que se retiren las denuncias contra él.

En la carcel Arnau se da cuenta que esta enamorado de Mar y se casa con ella en cuanto consigue salir, tienen un hijo al que llaman Bernat.

El libro acaba con la inaguracion de la catedral del mar a la que acude Arnau con 63 años, junto con su esposa Mar y el hijo de ambos